Na základě novely zákona o penzijním připojištění č. 170/1999 Sb. vznikla účastníkům penzijního připojištění možnost uplatnit některé daňové výhody v souvislosti s připojištěním.
Možnost daňových výhod vstoupila v platnost 1. 1. 2000 a vztahuje se na všechny smlouvy o penzijním připojištění bez ohledu na datum jejich uzavření a typ penzijního plánu. Cílem těchto úprav bylo zatraktivnit spoření částek nad 500 korun měsíčněa motivovat zaměstnavatele k příspěvku na penzijní připojištění zaměstnancům.
Výhody pro zaměstnance – účastníky penzijního připojištění:

• Pro zaměstnance je příspěvek na jeho penzijní připojištění od zaměstnavatele příjmem osvobozeným od daně z příjmu, a to až do výše 5 % vyměřovacího základu.
• Účastník penzijního připojištění má možnost snížit svůj základ daně o jím (nikoli zaměstnavatelem) zaplacené příspěvky na penzijní přípojištění převyšující částku 6 000 Kč ročně (na částku 6 000 Kč pobírá státní příspěvek). Maximálně je možno za jedno zdaňovací období odečíst 12 000 Kč. Daňový odečet se uplatňuje zpětně při ročním zúčtování – nelze proto snížit výši měsíčních záloh.

Výše měsíčního příspěvku účastníka pro využití všech výhod poskytovaných státem činí 1 500 Kč (na 500 Kč se vztahuje státní příspěvek, max. 1 000 Kč lze uplatnit při daňových výhodách). Kromě toho lze ještě využít výhody spojené s příspěvkem placeným zaměstnavatelem.

Výhody pro zaměstnavatele:

• Pro zaměstnavatele je příspěvek na penzijní připojištění zaměstnance uznán jako daňový náklad a to až do výše 3 % vyměřovacího základu pro pojistné na sociální zabezpečení a příspěvek na státní politiku zaměstnanosti, tj. vlastně do 3 % hrubé mzdy zaměstnance. Limit 3 % se nevztahuje k celkovému objemu mezd, ale individuálně ke každému zaměstnanci, kterému je příspěvek vyplácen, a počítá se odděleně ke mzdě za každý měsíc (nikoliv v ročním zúčtování).

Pro zaměstnavatele je tak výhodnější přispívat zaměstnanci na penzijní připojištění do 3 % jeho měsíční hrubé mzdy, než mu o stejnou částku zvýšit mzdu, neboť z příspěvků nemusí platit sociální pojištění za zaměstnance (35 %). Tento postup je výhodný i pro zaměstnance, neboť z příspěvků od zaměstnavatele nemusí odvádět daň ani sociální a zdravotní pojištění.